事实上，唐军班师回朝之后，朝中的御史就以此事为由头，狠狠地参了一本侯君集，李世民为了平息众怒，下旨将他拿入大狱。侯君集觉得自己功高，结果受到不公平待遇，于是心生不满，最终走上了造反的道路，这些都是后话。
高昌被灭，李世民的心情美美的，他对群臣说了，想要用中原的州县制度来管辖高昌的土地，希望大家能够各抒己见。
魏征劝谏道：“陛下，您登基的时候，麹文泰夫妇还来朝拜过，只不过他后来骄傲自大，所以才引火烧身。臣认为，只需要找麹文泰问罪就可以，至于高昌百姓，还是以安抚为主，立他的儿子为可汗，保存高昌的国号。这样一来，陛下的威德就可以遍及荒远之地，四方百姓都会诚服啊！”
李世民：“把高昌变成大唐的国土，不也一样吗？”
魏征：“如果把高昌的国土改为州县，咱们还要派遣大军去镇守，几年轮换一次，因为卫戍边境而死掉的人恐怕会有十分之三四，实在是得不偿失啊！”
在李世民的眼里，魏征还是太书生气了。不过，这也不能怪他，魏征毕竟是打工仔，李世民才是老板，思维方式不一样。
令李世民欣慰的是，侯君集刚刚返回长安，西突厥使者便到了。在此之前，西突厥和高昌暗中勾结，想要达成攻守联盟，结果西突厥的军队还没到达战场，高昌就被灭国了，西突厥的贵族们还能吃嘛嘛香？